Структуру ФСОО «Федерация беспилотной авиации» образуют региональные отделения ФСОО «Федерация беспилотной авиации». В одном субъекте РФ может быть создано только одно региональное отделение ФСОО «Федерация беспилотной авиации». Региональные отделения создаются по решению Президиума ФСОО «Федерация беспилотной авиации».
Отделения ФСОО «Федерация беспилотной авиации» могут приобретать статус юридического лица в порядке, установленном законодательством РФ. Региональные отделения вправе действовать на основании Устава ФСОО «Федерация беспилотной авиации» или на основании своего устава, который не противоречит Уставу ФСОО «Федерация беспилотной авиации».
Региональное отделение ФСОО «Федерация беспилотной авиации» обязано в своей деятельности соблюдать законодательство РФ, Устав ФСОО «Федерация беспилотной авиации», решения органов и должностных лиц ФСОО «Федерация беспилотной авиации».
Постоянно действующим руководящим органом регионального отделения ФСОО «Федерация беспилотной авиации» является Правление регионального отделения.
Председатель регионального отделения является единоличным исполнительным органом регионального отделения ФСОО «Федерация беспилотной авиации». Председатель регионального отделения избирается Общим собранием членов регионального отделения.